Avant tout envoi, consulter la rubrique Envoyer un échantillon. Toute demande au CNR n’est prise en compte que si elle est accompagnée des renseignements notamment cliniques, à mentionner sur la feuille de demande d’expertise de génotypage du CNR HPV qui doit accompagner l’échantillon.”

ANALYSES

EXPERTISES

SURVEILLANCE

COLLECTION DE SOUCHES

FORMATION

COLLABORATION ET RÉSEAUX

ANALYSES

Les analyses disponibles au CNR Papillomavirus sont les suivantes :

• Hybrid Capture 2 High-Risk HPV DNA Test™ (Qiagen) : Il s’agit d’un test de dépistage permettant la détection combinée de 13 HPV haut risque. La technique est basée sur l’hybridation en milieu liquide des séquences d’HPV à l’aide de sondes ARN. Les hybrides formés sont alors capturés sur le fond de micropuits et révélés par des anticorps anti-hybrides couplés à la phosphatase alcaline. Un substrat chimioluminescent est ensuite ajouté et l’intensité de la lumière émise, mesurée en Unité de Lumière Relative (RLU), est comparée à celle émise par le calibrateur interne correspondant au seuil de détection ou Cut-Off (CO). Les échantillons sont considérés comme « positifs » lorsque le ratio RLU/CO est supérieur ou égal à 1 et négatifs lorsque le ratio RLU/CO est inférieur à 1. Analyse accréditée ISO15189.

• INNO-LiPA® HPV Genotyping Extra II (Fujirebio) : Il s’agit d’un test de génotypage. La technique est basée sur une PCR réalisée à l’aide des amorces SPF10 suivie d’une hybridation inverse sur bandelette. Cette trousse, qui permet la détection de 32 génotypes d’HPV haut risque et bas risque, présente une très grande sensibilité analytique. Elle est particulièrement adaptée pour conduire des études épidémiologiques visant à décrire la répartition des génotypes et les infections multiples.

• PCR temps réel E2, E6 d’HPV16, HPV18, HPV31, HPV33 et HPV45 : Les techniques de PCR en temps réel ciblant E6 permettent la quantification absolue des génomes viraux. Une PCR ciblant le gène codant l’albumine est réalisée en paralèlle de façon à normaliser le nombre de copies de génome viral par cellule. Les PCR ciblant E2 permettent la quantification des formes épisomales.

• RT-qPCR E2, E6, E5 d’HPV16, HPV18, HPV31, HPV33 et HPV45 : Ces RT-qPCR permettent la mise en évidence de l’expresion des transcrits E2, E6 et E5. Une RT-qPCR ciblant un transcrit cellulaire (bêta-globine par exemple) permet de normaliser l’expression de ces transcrits. Ces techniques sont intéressantes pour caractériser une infection active.

• PCR FAP59-FAP64 : Ces amorces dégénérées sont particulièrement adaptées à la détection d’HPV à partir de tumeurs cutanées et de peau saine.

• PCR CP65-CP70 et CP66- CP69 : Ces amorces dégénérées sont adaptées à la détection des HPV type « Épidermodysplasie Verruciforme ».

• Western blotting E6 et E7 d’HPV16 : Ces techniques permettant la détection des protéines E6 et E7 à partir de cellules ou de tissus sont utilisées dans le cadre de la recherche.

EXPERTISES

Nous avons une grande expérience des différentes techniques d’hybridation moléculaire (hybridation in situ, hybridation liquide, PCR, PCR temps réel, RTPCR temps réel, NASBA, génotypage, séquençage) qui sont utilisées dans le domaine de la recherche et du diagnostic de routine et nous avons évalué de nombreuses trousses commerciales de détection des HPV :
• Trousse Hybride Capture 1 puis 2.
• Bioline HPV PCR ELISA kit (Argène).
• AMPLICOR® MWP HPV Test (Roche Diagnostics) : PCR hybridation inverse sur microplaque, détection générique de 13 HPV HR.
• Cobas®4800 HPV Test (Roche Diagnostics) : PCR en temps réel multiplexe permettant de mettre en évidence 12 génotypes d’HPV HR de façon simultanée ainsi que les HPV16 et HPV18 et un gène cellulaire.
• Trousse Easy Q Nuclisens HPV (bioMérieux) : NASBA pour la détection des transcrits E6 et E7 des HPV 16, 18, 31, 33 et 45.
• Linear Array (Roche Diagnostics) : PCR hybridation inverse sur bandelette, génotypage de 37 HPV HR et BR.
• INNO-LiPA HPV Genotyping (Fujirebio) : PCR hybridation inverse sur bandelette, génotypage de 32 HPV HR et BR.
• PapilloCheck-HPV Screening (Greiner BioOne) : PCR hybridation inverse sur puce à ADN, génotypage de 18 HPV HR et 6 HPV BR.
• CLART HPV (Genomica) : PCR hybridation inverse sur puce à ADN, génotypage de 24 HPV HR/intermédiaire et 11 HPV BR.

Nous avons aussi l’expérience de la validation de milieux de cytologie liquide pour la réalisation de tests HPV. Nous avons à ce titre mené une étude clinique pour comparer le milieu Novaprep® Vial Test (Novacyt) à un milieu de référence (milieu STM de Qiagen) pour la détection des HPV par la technique hc2 (Qiagen). Une étude des performances analytiques du test hc2 a aussi été entreprise pour valider le milieu Novaprep® HQ+ (Novacyt). Nous avons testé la répétabilité, la reproductibilité, réalisé une comparaison de méthodes et évalué la stabilité des échantillons à 20°C, +4°C, +20°C et +40°C.

SURVEILLANCE

Le CNR Papillomavirus est en contact avec de nombreux praticiens (biologistes, virologues, pathologistes, gynécologues, proctologues, dermatologues, cancérologues, ORL..) impliqués dans la prise en charge de pathologies associées aux HPV. Nous sommes en mesure de suivre et d’évaluer la distribution des génotypes d’HPV à différents sites anatomiques, que ce soit dans des populations vaccinées ou non vaccinées, dans des populations de patients immunodéprimés (sujets infectés par le VIH, transplantés) ou dans des populations vulnérables. Le CNR Papillomavirus s’appuie aussi sur le registre des tumeurs du Doubs et du Territoire de Belfort et sur l’association pour la prévention du cancer du col de l’utérus « eve » pour suivre les lésions associées aux HPV. Le cas échéant, les événements susceptibles de présenter un risque pour la santé publique (échec de la vaccination, prévalence/incidence augmentées d’un type d’HPV dans des lésions, apparition d’un nouveau type d’HPV…) pourront être transmis à Santé publique France.

COLLECTION DE SOUCHES

Les prélèvements envoyés pour expertise au CNR Papillomavirus sont conservés dans un Centre de ressource biologique certifié NF S96900. Nous disposons par ailleurs d’une collection de plus de 75000 frottis de col de l’utérus ayant été testés pour la présence d’HPV et dûment déclarée au Ministère de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche (N° DC20142086).
Nous disposons aussi :
• de lignées de cellules dérivées de cancer du col de l’utérus : HeLa, SiHa, Ca Ski, C33 A, W12.
• de plasmides abritant le génome complet d’HPV16, HPV18, HPV31, HPV33, HPV45, HPV1, HPV2, HPV4, HPV5, HPV8, HPV27, HPV57.

FORMATION

Certains membres du CNR Papillomavirus sont enseignants-chercheurs et assurent une formation universitaire dès la Première Année Commune aux Études en Santé. Ils participent aussi à la formation des étudiants en master (dont le Master 2 Gestion des Risques Infectieux et Sanitaires, GeRIS) et en thèse d’université.

Nous avons contribué/contribuerons à la diffusion de l’information concernant l’histoire naturelle des infections par les papillomavirus, le diagnostic virologique et la signification des résultats en confrontation avec les données cyto-histopathologiques, le dépistage ou encore la vaccination dans le cadre :
• de manifestions organisées par les sociétés savantes : PROGIN, EUROGIN, EUROCANCER, Société Française de Colposcopie et de Pathologie CervicoVaginale, Collège National des Gynécologues et Obstétriciens Français, Salon de Gynécologie Obstétrique Pratique, Colloque National des Biologistes des Hôpitaux, Colloque du Réseau en Biologie Moléculaire Libérale…
• de manifestions organisées par des associations de médecins : Société de Médecine de Franche-Comté, Société de Biologie de Besançon, Groupe d’enseignement post-universitaire des médecins des Hautes-Pyrénées, Association des Gynécologues de l’Est Parisien, Formation de Biologistes des Centres de Santé, Formations continues dans le cadre de BIOFORMA, Collège d’Infectiologie Aixois, Formation à l’Ile de la Réunion…
• d’articles de synthèse et de revues en langue française et en langue anglaise
• d’un ouvrage de langue française de 759 pages et 89 planches couleurs : Aubin F, Prétet JL, Mougin C Eds. Papillomavirus humains. Biologie et pathologie tumorale. EM Inter, Tec et Doc, Paris, 2003.
• de manifestations à destination du grand public (collaboration avec la MSA pour la participation à Octobre Rose, conférences à l’Université Ouverte, Nuit des chercheurs…).

Le CNR papillomavirus est à la disposition de toute structure, association ou société savante pour assurer de la formation concernant les infections à papillomavirus humains et les pathologies associées, leur prévention primaire et secondaire par la vaccination et le dépistage.
Contact : cnrhpv@chubesancon.fr

COLLABORATION ET RÉSEAUX

CARTE DES RÉSEAUX DE BIOLOGISTES, PATHOLOGISTES ET CLINICIENS DU CNR PAPILLOMAVIRUS